В последовательности моего белка CUER_ECOLI были найдены все мотивы, описанные в PROSITE, в том числе неспецифичные . По результатам поиска составлена следующая таблица.
Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
PS50937 | HTH_MERR_2 | профиль белков семейства HTH_MerR | профиль | профиль посмотреть здесь | специфична | 1 |
PS00552 | HTH_MERR_1 | признак (подпись) белков семейства HTH_MerR | паттерн | [GSA] - x - [LIVMFA] - [ASM] - x(2) - [STACLIV] - [GSDENQR] - [LIVC] - [STANHK] - x(3) - [LIVM] - [RHF] - x - [YW] - [DEQ] - x(2,3) - [GHDNQ] - [LIVMF](2) | специфична | 1 |
PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | сайт N-гликозилирования | паттерн | N - {P} - [ST] - {P} | неспецифична | 2 | PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования протеинкиназы C | паттерн | [ST] - x - [RK] | неспецифична | 2 | PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависмой протеинкиназы | паттерн | [RK](2) - x - [ST] | неспецифична | 1 | PS00006 | ASN_GLYCOSYLATION | сайт фосфорилирования казеинкиназы II | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] | неспецифична | 1 |