назад ко второму семестру

Мотивы в белке CUER_ECOLI, описанные в БД Prosite

В последовательности моего белка CUER_ECOLI были найдены все мотивы, описанные в PROSITE, в том числе неспецифичные . По результатам поиска составлена следующая таблица.

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS50937 HTH_MERR_2 профиль белков семейства HTH_MerR профиль профиль посмотреть здесь специфична 1
PS00552 HTH_MERR_1 признак (подпись) белков семейства HTH_MerR паттерн [GSA] - x - [LIVMFA] - [ASM] - x(2) - [STACLIV] - [GSDENQR] - [LIVC] - [STANHK] - x(3) - [LIVM] - [RHF] - x - [YW] - [DEQ] - x(2,3) - [GHDNQ] - [LIVMF](2) специфична 1
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION сайт N-гликозилирования паттерн N - {P} - [ST] - {P} неспецифична 2
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE сайт фосфорилирования протеинкиназы C паттерн [ST] - x - [RK] неспецифична 2
PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависмой протеинкиназы паттерн [RK](2) - x - [ST] неспецифична 1
PS00006 ASN_GLYCOSYLATION сайт фосфорилирования казеинкиназы II паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифична 1


© Лозиер Екатерина